类风湿关节炎的关节结构破坏是一个复杂的过程，它包括骨质的侵蚀，软骨的退变和关节周围肌腱的炎症。这里的软骨包括了关节表面未钙化的软骨。这种结构不是破骨细胞侵袭的目标，因为破骨细胞不能破坏未钙化的组织。实际上，在对关节置换术所获样本进行的研究中可以发现破骨细胞对未钙化的软骨无侵袭作用，这提示软骨的退变可能存在着其它机制。虽然炎症关节软骨退变的分子学机制还不完全清楚，但滑膜组织的侵袭特性和一些降解酶（如基质金属蛋白酶）的表达可能在对软骨的破坏中发挥着重要作用。在关节表层软骨和骨之间起连接作用。

钙化软骨通常和未钙化软骨一样厚，对破骨细胞介导的骨质吸收特别敏感。这一点相当可信，因为最丰富的骨化途径就是软骨内成骨，它基于去除钙化软骨并重塑成骨。因此，钙化软骨实际上是关节中的一个薄弱点，它可以被破骨细胞侵入，并在表层软骨下挖地道。然后，这些破坏区被炎症组织（血管翳）填充，并在残存软骨周围形成钳样结构。由于存留软骨直接暴露在高浓度细胞因子和基质降解酶中，所以可被迅速降解。软骨下骨屏障仅仅是一层纤细的阻挡层，滑膜组织可以通过它进入骨髓内。侵袭钙化软骨也为打破软骨下骨屏障铺平了道路。