体内T淋巴细胞表面抗原识别受体组合库在出生前已经能够识别暴露于环境中的微生物致病抗原。B淋巴细胞则不同，它们必须等到出生后遇到环境中的微生物致病抗原，才能根据接触到的微生物抗原的相应结构发生免疫球蛋白基因重组，产生识别特定微生物抗原结构的抗体分泌 B细胞。这种 B细胞得到克隆增殖，并分泌大量针对这种抗原的特定抗体，参与免疫系统对致病微生物的对抗。在下次遇到另一种不同微生物抗原时，B淋巴细胞库中的其他B淋巴细胞的免疫球蛋白基因发生另一种不同的重组，产生针对这种抗原结构的特异抗体。由于进化上获得的这种B细胞免疫球蛋白，其基因重组产生的可能组合数目非常巨大，所以人体可以产生不计其数的抗体，并能特异地应付环境中遇到的任何致病微生物。T淋巴细胞的作用方式则不是分泌抗体，而是依靠存在于它们表面的T淋巴细胞抗原识别受体(TCR)结合致病微生物抗原，参与免疫系统的反应。编码T淋巴细胞 TCR的基因与B细胞的免疫球蛋白基因类似，也可通过各种各样的重组产生数目庞大的各种组合。每种重组产生的T淋巴细胞表面抗原识别受体可特异地识别一种或数种致病微生物抗原。这种重组产生的T细胞库可以对付环境中任何致病微生物抗原。只不过与B细胞免疫球蛋白基因重组不同的是，这种T细胞抗原识别受体基因的重组在出生前与环境中的致病微生物接触之前已经完成。在出生前，抗原识别受体在胸腺中进行负选择(negative selection)，即与自身抗原反应的T淋巴细胞被清除掉，不与自身抗原反应的T淋巴细胞则被保留下来，并且在成熟后组成人体内的T淋巴细胞库。出生后，在遇到环境中某种致病微生物引发特定的免疫反应时，识别这种特定微生物抗原的T淋巴细胞用它们细胞表面特异的抗原识别受体结合此种微生物抗原，由此引起这种T淋巴细胞的活化和克隆生长，称为正选择(positive selection)。

       正常人体内的免疫系统经常会有某些与自身抗原反应的T淋巴细胞。这些在胸腺中成熟的T淋巴细胞逃避了负选择的清除。它们平时处于“静止状态(resting) "，被认为是组成正常免疫系统的一部分。它们在大多数情况下并不引发疾病，因为它们处在“免疫耐受(tolerance)”机制的监督下。某些关键因素会使自身免疫病患者体内这种潜在的自身反应 T淋巴细胞得到活化。