随着细胞分离技术的提高，自体干细胞移植已用于多种疾病的治疗，特别是造血干细胞移植。造血干细胞移植前，运用大剂量的细胞毒药物进行骨髓破坏，继而转输健康的造血干细胞，新生血液细胞则可源源不断的通过转输的干细胞分裂、分化而来，取代病变的血液细胞，是为治疗相关疾病的基础。

        造血干细胞移植还是治疗难治性系统性硬化症的有效治疗手段。但是，北海道大学医学院的Toshiyuki Bohgaki医生在随访一例用造血干细胞移植治疗的难治性系统性硬化症患者时发现，该患者在接受造血干细胞移植后6—55个月，先后发生了多重自身免疫病表现，包括血小板减少、Grave’s病、膜型增殖性狼疮肾炎、抗磷脂综合征等。作者认为，患者体内缺乏CD4+CD25+Foxp3+调节性T细胞是造成自身免疫病发病的关键，另外，Th17细胞分泌的大量细胞因子Th17也是促进疾病进展的因素之一。

        理论上而言，造血干细胞可分化为所有的血液细胞，但是我们在分离的干细胞是CD34+细胞，该细胞是否就是生理的造血干细胞？患者的基础疾病，特别是自身免疫性疾病，致病原是否会因为干细胞移植而消失？造血干细胞移植前的细胞毒药物会否对骨髓微环境及免疫微环境造成不利的影响？

        尽管存在诸多疑问，干细胞移植终将是人类战胜疾病的终极治疗手段。2007年最大的科学发现莫过于成功地将皮肤细胞转化为具有多重分化功能的组织干细胞，这一里程碑式的发现将极大的推动干细胞的相关研究。