SS患者强烈的自身抗体反应和腺体的生发中心样结构存在提示免疫应答的紊乱与一个或多自身抗原有关。B细胞Ig基因的分子特征为SS的抗原驱动反应提供了大量证据。对SS患者的唇腺和淋巴结进行活检、运用RT-PCR技术进行Ig重链重组分析，发现在94种V（H）-D-J（H）转录物中92种因体细胞突变，这与大量B细胞表达超突变型V基因相一致⁷⁵。相关的自身抗原

EB病毒

有病例详细报道了急性单核细胞增多症会引起SS的发病^76，77，潜在的EB病毒（EBV）感染部位是唾液腺，这也充分说明EBV在SS的发病机制中有重要作用。一些研究表明在SS患者体内针对EBV抗原的抗体滴度增高⁷⁸，而其他人却没有。利用原位杂化作用和PCR技术可以在SS患者的腺体组织、唾液、泪液中发现EBV-DNA⁷⁹。这些研究表明在某些病人中，持续的腺体内EBV感染有可能会引起免疫调节异常，从而导致持续的炎症，甚至可能出是淋巴瘤的形成。

α-胞影蛋白是一种构成上皮细胞骨架的成分，大小为120KD，它首先是在SS的NFS/sLd小鼠模型中作为自身免疫应答的靶点被发现⁸⁰。受累小鼠的血清中IgG能够识别出唾液腺匀浆的免疫印迹中的α胞影蛋白。小鼠体内产生的IgG和从SS患者体内产生的人类IgG都能与重组α-胞影蛋白融合蛋白结合。EBV激活淋巴样细胞，导致α-胞影蛋白裂解成120kD的片段，同时伴有细胞凋亡和ZEBRA蛋白的表达，这正是EBV溶解周期激活的标志⁸¹。这种裂解能够被半胱天冬酶抑制剂阻断。α-胞影蛋白也能被细胞毒性淋巴细胞内颗粒中的酶分解成单一的155kD片断⁸²。正如在动物模型和体外实验模型中所见，诸如EBV之类的病毒可以通过内在的上皮细胞凋亡和细胞毒性淋巴细胞颗粒释放，诱导与SS有关的自身抗原产生。